새만금사업 집행정지 결정문

                                               서  울  행  정  법  원
                                                    제    3    부
                                                    결      정

사       건 2003아1142    집행정지

신  청  인       1. 조경훈                              
                       전북 부안군 계화면 계화리 278
                    2. 신형록
                       전북 부안군 상서면 고잔마을 268
                    3. 최열
                       서울 강동구 길동 산 1 삼익파크아파트 507동 609호
                    신청인들 소송대리인
                    법무법인 덕수 담당변호사 최병모
                    법무법인 창조 담당변호사 박오순
                    법무법인 한울 담당변호사 김호철
                    법무법인 한결 담당변호사 여영학
                    변호사 최영동, 박태현

피 신 청 인   1. 국무총리
                 2. 농림부장관
                    피신청인들 소송대리인 법무법인 화우
                    담당변호사 유인의, 김철호
  
                                                   주       문

   피신청인 농림부장관이 1991. 10. 17.에 한 공유수면매립면허처분 및 1991. 11. 13.에 한 새만금간척종합개발사업시행인가처분에 근거한 새만금간척종합개발사업에 따른 방조제공사는 이 법원 2001구33563 사건의 판결선고시까지 그 집행을 정지한다.
  
                                                  신 청 취 지

   피신청인 국무총리가 2001. 5. 25.에 한 새만금간척종합개발사업에 대한 정부조치계획과 피신청인 농림부장관이 2001. 8. 6.에 한 위 정부조치계획에 대한 세부실천계획, 피신청인 농림부장관이 1991. 10. 17.에 한 공유수면매립면허처분 및 1991. 11. 13.에 한 새만금간척종합개발사업시행인가처분은 이 법원 2001구33563 사건의 판결선고시까지 그 집행을 정지한다.
  
                                                  이       유

1. 기초사실

  이 사건 기록에 의하면 다음의 사실이 인정된다.

  가. 새만금간척종합개발사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)은 1991년부터 2011년까지(외곽시설：1991년～2004년, 내부개답：2004년～2011년) 전라북도 김제시, 군산시, 부안군의 1도 2시 1군 19읍․면․동을 사업구역으로 하여, 군산시, 김제시, 부안군에 인접한 하구해역 40,100㏊를 막아 28,300㏊의 토지와 11,800㏊의 담수호를 조성하는 사업이다.

  나. 한편, 농림수산부장관은 1989. 11. 6. ‘새만금지구 간척사업’의 기본계획을 확정하고, 1991. 8. 13. 구 농촌근대화촉진법(1994. 12. 22. 법률 제4823호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 농촌근대화촉진법’이라 한다) 제93조에 의하여 사업시행자를 농림수산부장관으로, 사업목적을 간척종합개발, 수자원개발로, 사업명을 이 사건 사업으로, 사업구역을 전라북도 군산시, 부안군, 김제군, 옥구군으로, 사업면적(매립면적)을 40,100㏊로, 사업개요를 방조제 4조 33㎞, 배수갑문 2개소, 토지개발 28,300㏊, 담수호 11,800㏊, 관개배수 양․배수장 13개소로 한 이 사건 사업시행계획을 수립하여 같은 달 19. 구 농촌근대화촉진법 제94조에 의하여 이를 고시한 다음, 구 행정권한의위임및위탁에관한규정(1994. 12. 23. 대통령령 제14438호로 개정되기 전의 것) 제41조 제9항에 따라 건설부장관의 권한을 위임받아, 1991. 10. 17. 구 공유수면매립법(1997. 4. 10. 법률 제5337호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 공유수면매립법’이라 한다) 제4조, 제29조 및 같은법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제16073호로 개정되기 전의 것) 제34조의 규정에 의하여 농림수산부장관에게 이 사건 사업과 관련하여 공유수면매립면허처분을 하고, 같은 달 22. 구 공유수면매립법 제7조 및 같은법시행령 제12조 제1항의 규정에 의하여 이를 고시하였으며, 그 후 농림수산부장관은 사업시행자의 지위에서 1991. 11. 13. 구 농촌근대화촉진법에 의한 사업시행인가권자인 농림수산부장관에게 이 사건 사업의 시행인가를 신청하여, 구 농촌근대화촉진법 제96조, 구 공유수면매립법 제9조의2에 의한 농림수산부장관의 이 사건 사업 시행인가처분이 있었고, 같은 달 16. 그 시행인가가 고시되었다(이하 위 공유수면매립면허처분 및 새만금간척종합개발사업시행인가처분을 모두 합하여 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).

  다. 1998년부터 환경단체 등 시민단체가 이 사건 사업시행에 따른 환경영향, 수질, 경제성 등에 대하여 문제를 제기하자, 정부는 일단 이 사건 사업시행에 따른 공사를 잠정적으로 중단한 상태에서 민관공동조사단을 구성하여 1999. 5. 1.부터 14개월간 환경대책, 경제성, 수질보전대책에 관하여 조사를 실시하게 하였고, 그 후 피신청인 국무총리는 2001. 5. 25. 위 민관공동조사결과, 관계부처의 검토내용, 토론회 및 평가회의 결과를 참고로 하여 이 사건 사업에 대한 정부조치계획을 확정․발표하고 관계부처에 지시사항을 시달하였으며, 피신청인 농림부장관도 이에 응하여 2001. 8. 6. 이 사건 사업 후속 세부실천계획을 발표하기에 이르렀는데, 피신청인 국무총리의 이 사건 정부조치계획 및 관계부처에 대한 지시사항의 주요내용은 다음과 같다.      

      즉, 먼저 그 기본방향으로 새만금사업공사가 이미 58% 이상 진척되어 있어 공사를 중단하는 경우 막대한 사회경제적 손실이 초래될 뿐만 아니라, 미래의 식량위기, 남북통일 등에 대비하기 위해서는 이 사건 사업의 완성이 반드시 필요하다는 점을 밝히고, 다만 수질과 갯벌보전, 환경문제 등의 해결을 위해 보완대책의 마련이 필요하다는 것이고, 다음 그 추진사항으로 방조제는 완공하되, 동진수역부터 먼저 개발하고 만경수역은 수질이 목표수준에 적합하다고 평가될 때까지 개발을 유보하며, 그 밖에 ‘친환경적 사업추진계획’, ‘갯벌보전,관리 종합대책추진’, ‘새만금사업의 환경관련 소요예산판단’, ‘추진체계 구축운영’ 등 사업의 계속추진과 관련된 사항을 밝히면서, 아울러 농림부, 환경부, 해양수산부 등 관계부처별 주요 조치사항을 정하고, 이에 따라 소관부처별로 세부실천계획을 2001. 7.말까지 마련, 추진할 것을 지시하고 있다.

     또한 피신청인 농림부장관의 이 사건 사업 후속 세부실천계획의 주요내용은 먼저 그 기본방향으로 위 정부조치계획에 따라 수질보전 및 친환경적 대책을 마련한 후 사업을 추진한다는 점 등을 밝히고, 다음으로 그 세부실천계획을 크게 수질보전대책, 새만금내부 친환경간척계획, 해양환경보전대책 등으로 나누어 추진사업과 사업비 등을 정하고 있으며, 그 밖에 ‘과학적인 물관리체계구축’, ‘사업추진체계구축’, ‘재원조달계획’ 등에 관한 사항을 밝히면서, 위 세부실천계획은 국무조정실 내 민관공동으로 구성된 새만금환경대책위원회에 상정, 평가될 계획이라는 점과 향후 세부실천계획 시행과정에서 환경단체 등 시민단체, 전문가의 조사․연구와 새로운 환경처리기술 등을 반영하여 계속 보완발전시켜 나간다는 점을 덧붙이고 있다.

  라. 한편, 이 사건 사업은 1991. 11. 28.경 제1호 방조제공사가 착공되고 이어 1992. 6. 10.경 제2, 3, 4호 방조제 공사가 착공된 이래, 1998. 12. 30.경 제1호 방조제공사 완공을 거쳐 2003. 6. 현재 물막이공사 기준으로 총 33㎞ 중 제2호 방조제 2.7㎞를 제외한 구간 약 30.3㎞(약 91.8%)가 완공되었는데, 방조제공사는 아래에서 보는 바와 같은 방식으로 시공된다.
      방조제 축조공사는 먼저, 해측(海側)에 조류에 의한 원지반 유실방지를 위하여 배를 이용하여 섬유매트를 시공한 다음 그 위에 1～2ton/EA의 암석으로 두께 2～5m 시공하고(바닥보호공), 다음으로 조류를 차단하기 위하여 석산에서 개발된 암석을 해측과 호소(湖沼)측에 1차사석제 및 내측성토사석을 쌓은 다음, 사석제 사이로 조석 및 파랑에 의한 성토재(준설토)의 흡출을 방지하기 위하여 섬유매트와 자갈로 시공하고, 다시 바닷물을 완전히 차단하기 위하여 바다모래로 축조(준설성토)한 후, 파랑에 의한 축조재료의 유실방지를 위하여 해측 피복석(2.7t/EA)과 내측피복석(70㎏/EA)을 시공하고, 마지막으로 준설성토위에 4차선 아스팔트와 콘크리트를 시공하는 방법으로 평균저폭 290m, 높이 18m의 규모로 완성된다.

2. 판단

  가. 집행정지의 요건  

     행정처분의 효력정지, 집행정지 또는 그 절차의 속행정지(이하 ‘집행정지’라고 한다)를 할 수 있기 위해서는, 적극적인 요건으로 그 처분 등이나 집행 또는 속행으로 인하여 생길 회복하기 어려운 손해를 예방하기 위하여 긴급한 필요가 있어야 하고(행정소송법 제23조 제2항), 소극적인 요건으로 공공복리에 중대한 영향을 미칠 우려가 없어야 할 뿐만 아니라(같은 조 제3항), 행정처분의 집행정지는 행정처분의 집행부정지원칙에 대한 예외로서 인정되는 것이고 또 본안에서 원고가 승소할 수 있는 가능성을 전제로 한 권리보호수단이라는 점에 비추어 보면 집행정지사건 자체에 의하여도 신청인의 본안청구가 적법한 것이어야 할 것이므로(대법원 2003. 3. 14.자 2002무56 결정 참조), 신청인들의 이 사건 집행정지신청이 적법하기 위하여는 먼저 원고들에게 본안소송을 제기할 만한 원고 적격이 있어야 하고, 다음으로 신청인들이 본안소송에서도 승소할 가능성이 있어야 한다.
     따라서 신청인들이 이 사건 각 처분 등의 적법 여부를 다툴 법률상의 이해관계를 갖는 자들로서 원고적격이 인정되는지 여부에 관하여 먼저 판단하여야 할 것이나, 이에 대하여는 현재 계속중인 본안소송에서의 판단에 미루기로 하고, 이 사건에서는 ‘본안소송의 승소 개연성’과 행정소송법 제23조 제2항, 제3항 소정의 행정처분 집행정지의 요건인 ‘회복하기 어려운 손해를 예방하기 위하여 긴급한 필요가 있는지 여부’ 및 ‘공공복리에 중대한 영향을 미칠 우려가 없는지 여부’에 대하여서만 살펴보기로 한다.

  나. 본안소송의 승소 개연성

     ⑴ 먼저, 피신청인 국무총리가 2001. 5. 25.에 확정한 이 사건 사업에 대한 정부조치계획 및 피신청인 농림부장관이 2001. 8. 6.에 확정한 위 정부조치계획에 대한 세부실천계획이 항고소송의 대상인 행정처분에 해당하는지 여부에 관하여 보기로 한다.
       살피건대, 피신청인 국무총리의 이 사건 정부조치계획 및 지시사항시달은 이 사건 사업에 관한 국무총리의 관계부처에 대한 지휘․감독권의 행사(정부조직법 제19조)의 일환으로 행해진 것으로, 당초 농림수산부장관의 새만금간척종합개발사업을 변경시키거나 그 사업을 대체하는 것이 아니라, 동 사업을 계획대로 계속 시행하되, 다만, 환경친화적인 개발이 되도록 관계부처에 보완대책을 수립, 추진하라는 것을 내용으로 하고 있고, 피신청인 농림부장관의 이 사건 후속 세부실천계획 또한 위 국무총리의 지시사항을 이행한 실천계획을 정한 것으로, 이 사건 사업에 대한 환경친화적인 개발의 이행계획을 내용으로 하고 있으며, 이 사건 사업에 대한 공사재개행위는 당초 이 사건 사업계획에 따라 진행되다가 중단된 공사를 재개하는 것에 불과하여, 위 각 행위 자체로 독립하여 새로이 직접 신청인들의 기본권을 침해하고 있는 것이 아니므로, 피신청인들의 위 각 행위는 항고소송의 대상인 행정처분에 해당하지 아니한다고 할 것이다.
       따라서, 아래에서는 피신청인 농림부장관의 이 사건 각 처분이 당연무효인지 여부에 초점을 맞추어 본안소송의 승소 개연성을 살펴 보기로 한다.

     ⑵ 행정행위의 무효
        하자 있는 행정행위가 당연무효가 되기 위하여는 그 하자가 법규의 중요한 부분을 위반한 중대한 것으로서 객관적으로 명백한 것이거나(대법원 2002. 2. 8. 선고 2000두4057 판결 참조), 그 행정행위의 내용이 사회통념에 비추어 실현불가능하다고 판단되는 경우에도 인정되어야 할 것인바, 여기서 행정행위의 내용이 사회통념에 비추어 실현불가능하다는 것은 그 행정행위의 내용이 물리적, 절대적으로 불가능한 경우뿐만 아니라 과학기술수준 및 사회적 조건으로 인하여 또는 감당하기 어려운 과다한 비용과 희생을 요함으로 인하여 사회통념상 실현불가능한 경우까지 포함한다고 할 것인데, 그와 같은 실현가능성 여부는 행정행위 후에 나타난 과학기술정보와 조사자료 및 사회적, 경제적 조건에 대한 평가 등을 모두 고려하여 판단할 수 있는 것이다.
        따라서 이하에서는 그와 같은 관점에서 이 사건 각 처분이 실현가능한 것인지에 관하여 본다.

     ⑶ 이 사건 사업의 실현을 위한 전제조건
        ㈎ 이 사건 사업의 목적
           이 사건 사업은 농지조성과 수자원개발에 주된 목적이 있는데, 위와 같은 목적을 달성하기 위하여 가장 근본적으로 해결되어야 할 것은 향후 농업용수로 공급될 새만금 담수호의 수질오염을 방지하여 농업용수기준에 상응하는 수질을 유지할 수 있느냐에 여부에 달려 있으므로, 결국 이 사건 사업의 성공은 농업용 호수인 새만금 담수호의 수질개선대책의 실현가능 여부에 있다고 할 것이다.
        ㈏ 먼저, 피신청인 농림부장관이 이 사건 각 처분을 하기 위하여 1989. 8. 29.자로 시행한 환경영향평가 중 수질오염방지대책에 관하여 보기로 한다.
           소갑제1호증의 기재에 의하면, 이 사건 사업수행자인 농업기반공사는 1989. 8. 29.자로 시행한 환경영향평가 중 수질오염방지대책과 관련하여, 새로 조성되는 새만금 담수호의 수질에 영향을 미치는 만경강과 동진강 유역의 장래수질을 예측한 다음, 그 수질보전대책으로서 이 사건 사업의 시행으로 건설될 새만금 담수호의 부영양화는 불가피하지만 전주․이리 등 상류에 하수처리장을 완벽하게 건설하고, 금강하류까지 15㎞의 연결수로를 만들어 초당 20t씩 방류해 새만금 담수호 물을 희석시키며, 저층수 배제시설(만경강 1개소, 동진강 1개소)을 설치하여 오염된 호수 밑바닥 물을 외해로 방출하면 당초 새만금 담수호의 수질기준인 농업용수의 수질은 유지될 것이라고 예측하였던 사실을 인정할 수 있다.

           그러나 위 환경영향평가에서 언급한 수질보전대책은 다음과 같은 이유로 새만금 담수호의 수질유지를 실현하기에 적절한 방법이 될 수 없다.
            첫째, 새로 조성되는 새만금 담수호의 수질은 만경강, 동진강 유역으로부터의 오염발생량에 영향을 받게 됨을 알 수 있는데, 전주시, 익산시, 정읍시 등에서 배출되는 생활하수, 전주공단과 익산공단의 오수와 폐수 및 김제와 부안 등지에서 나오는 축산 폐수와 비료 등이 만경강과 동진강으로 대량으로 흘러들어오고 있는 등으로 유입하천의 수질문제가 있고,
            둘째, 만경강과 동진강 상류에 하수처리장을 건설한다고 하더라도 부영양화의 원인물질인 질소와 인은 처리과정에서 통상 20～30% 밖에 제거되지 않는데다가 호수를 썩게 하는 질소와 인은 하수처리장이 거의 가동되지 않는 홍수 때 대부분 호수로 유입되기 때문에 그 대책이 되지 못하며,
            셋째, 금강 하류의 물이 농업용수로 사용할 수 없을 정도로 오염되어 있어 희석수(보충수)로 사용하기에는 적절하지 않기 때문이다.
     이는 감사원이 1998. 9. 25.경 농업기반공사가 작성한 이 사건 사업에 대한 환경영향평가와 관련하여 발표한 감사결과(소갑제2호증)에 의하더라도 뒷받침되고 있다. 즉 감사원은 농업기반공사가 작성한 위 환경영향평가에는 새만금 담수호에 대한 수질예측을 하면서 농지를 조성할 예정인 내부간척지에서 발생되는 오염부하량을 참작하지 않고 유역내 인구 및 축산폐수 배출량 등을 적게 추정하여 수질예측을 하였을 뿐만 아니라, 새만금 담수호의 예상수질은 생물화학적 산소요구량(BOD, 이하 ‘BOD'라 한다)이 12.1㎎/ℓ이 되어 농업용수로 사용할 수 없는 정도에 이르는데도 그러한 중대한 환경상의 악영향을 누락하였다는 것이다. 뿐만 아니라 현재 이 사건 사업에 기한 방조제공사가 완공되지 아니한 상태임에도 불구하고 유역하천인 만경강과 동진강의 수질이 계속 악화되는 상황에 비추어 보더라도 위 환경영향평가에서 언급한 수질대책만으로는 새만금담수호의 수질을 농업용수로 유지할 수 없을 것으로 보인다.

            또한, 위와 같은 사정 이외에도, 위 환경영향평가를 주관한 농림수산부와 농업기반공사는 새만금 담수호의 수질보전대책에 대한 예측과 관련하여 다음과 같은 오류도 범하고 있다.
            첫째, 새만금 담수호의 수질목표 설정에 문제가 있다. 즉 새만금 담수호의 수질을 농업용수기준인 4급수 수준에 맞추는 수질예측을 하였으나, 4급수 수준의 물은 인과 질소의 농도로 인하여 심각한 부영양화가 일어날 수 있는 수준이기 때문에 더 좋은 수질을 목표로 하였어야 할 것이다.
            둘째, 환경기준의 적용 방법상에 문제점을 안고 있다. 다시 말하면, 새만금 담수호의 수질목표인 4급수 수준의 물은 연평균이 아니라 가장 수질이 나쁜 시기에 가장 나쁜 장소에서도 위 기준을 달성하여야 함에도 이 점을 참작하지 아니하였다.
            셋째, 강우시의 수질오염을 제대로 고려하지 못한 문제점도 가지고 있다. 현실적으로 만경강, 동진강으로 흘러들어가는 생활폐수 등의 상당량이 강우시에는 폐수처리시설을 거치지 아니하고 바로 흘러들어가기 때문이다.
          그렇다면, 피신청인 농림부장관이 이 사건 각 처분을 하기 위하여 1989. 8. 29.자로 시행한 환경영향평가 중 수질오염방지대책에 의한다면 새만금 유역이 해수에서 담수로 전환되는 경우 동진강, 만경강에서 유입되는 오염된 물로 인하여 갯벌에 있던 해수 동식물과 미생물 등이 모두 폐사하여 부패하게 될 것이고, 이로 인하여 발생하는 새만금 담수호의 부영양화로 인한 오염으로 농지로 조성될 내부간척지에 농업용수를 공급하지 못하게 되어 당초 계획한 이 사건 사업의 목적을 달성할 수 없게 될 위험이 매우 크다고 할 것이다.
        ㈐ 다음으로, 이 사건 사업에 관한 정부조치계획 등에 언급된 수질오염방지대책에 관하여 살펴보기로 한다.
           아래의 사실은 소갑제14호증, 소갑제15호증, 소갑제17호증, 소갑제18호증의 1, 소갑제24호증의 1, 2, 4, 소갑제29 내지 31호증의 각 기재에 의하여 인정할 수 있고, 소을제2호증의 기재만으로는 이를 뒤집기에 부족하며, 달리 반증이 없다.
           ① 시화호의 오염을 계기로 1998년부터 환경단체 등 시민단체가 이 사건 사업시행에 따른 환경영향, 수질, 경제성 등에 대하여 문제를 제기하자, 정부는 새만금 환경영향 민관공동조사단을 구성하여 수질보전대책을 비롯한 경제성, 환경영향평가 등을 조사하게 함과 아울러, 환경부 등 유관기관으로 하여금 수질보전대책을 수립하라는 정부종합계획을 지시하게 되었고, 이에 따라 환경부에서는 1999. 12.경 새만금호 수질보전 종합대책을 수립하게 되었는데, 위 수질보전 종합대책의 주요내용은,
            ⓐ 환경기초시설 54개소 설치(795,000㎥/일)
            ⓑ 하수처리장 고도처리시설 6개소 설치(665,000㎥/일)
            ⓒ 하수관거 정비 2,464㎞ 확충․정비
            ⓓ 생활계 분뇨, 정화율 제고
            ⓔ 축산폐수 공공처리시설 확충
            ⓕ 축산분뇨 개별처리율 제고(94% 이상 처리)
            ⓖ 왕궁지역 축산폐수 처리대책
            ⓗ 왕궁지역지구의 장기적 관리대책
            ⓘ 신규양식장 허가불허
            ⓙ 기존 양식장 면허연장불허
            ⓚ 농경지 시비량 30% 감축
            ⓛ 수변 정화기능강화
            ⓜ 인공습지조성
            ⓝ 금강호 희석수 도입(520,000,000톤/년)
            ⓞ 동진강 유입수를 만경호로 배분
            ⓟ 수질관리 전용 침전지 2개소 설치
            ⓠ 무산소층인 바닥 부위의 물을 바다로 보내는 장치인 저층수 배제시설(低層水 排除施設) 설치
            ⓡ 유보지 확보
            ⓢ 새만금유역 오염총량관리제도 도입
            ⓣ 전주권 그린벨트내 대규모 개발억제
등이고, 이는 당시 우리 나라에서 이론적으로 시행이 가능한 대부분의 수질대책을 총망라한 것이었다.
           ② 한편, 위 민관공동조사단의 공동조사 중 수질분야에 관하여는 농업기반공사에서 수행한 각종 조사보고자료와 환경부가 위 ①항에서 보는 바와 같이 1999. 12.에 제시한 ‘새만금호 수질보전 종합대책(시안)’ 및 관련조사자료를 세밀하게 검토하는 방법으로 2012년 조성예정인 새만금 담수호의 수질이 농업용수 목적에 적합한 수준인 수질환경기준 4등급이 될 수 있을 것인가에 초점을 맞추어 위 수질보전대책의 현실적 이행가능성 여부와 위 대책에 의한 수질목표(4급수) 달성의 가능성 여부에 대한 연구를 하였는데, 다른 분야와 마찬가지로 수질분야에 있어서도 조사위원들의 의견이 일치되지 아니하여 이 사건 사업의 계속 추진 여부에 대하여 결론을 내리지 못한 채 조사결과만 제출하였다.
           ③ 또한, 위 민관공동조사단의 수질분과위원회에서는 수질보전대책과 관련하여,
            ㉮ 아무런 추가적인 대책없이 1998년의 환경기초시설로 새만금 담수호가 완공될 예정인 2012년에 이를 경우(시나리오 1),
            ㉯ 환경부가 제시한 시안으로서 위에서 언급한 바와 같이 환경기초시설의 신설과 확충에 따른 오염부하량의 삭감과 아울러 축산분뇨를 자가처리 및 공공처리를 통하여 축산계 오염부하를 BOD 기준으로 42.9% 삭감하고 농경지의 시비량을 30% 감축하는 등의 경우(시나리오 2),
            ㉰ 시나리오 2를 시행하되 축산분뇨에 대해서는 퇴비, 액비, 공공처리장, 자가처리 등의 방법으로 철저하게 관리하고, 농경지의 오염부하량을 감축하기 위하여 물고 높이 3㎝ 올려 총인(T-P, 이하 ‘T-P'라 한다)을 16% 추가 감축하는 경우(시나리오 3),
            ㉱ 시나리오 3과 같은 대책을 시행하되 축산사육두수가 앞으로 감소하는 경우(시나리오 4),
            ㉲ 시나리오 2를 시행하되 하수관거에서 55%가 누수되어 처리되지 않는다고 가정하는 경우(시나리오 5),
            ㉳ 시나리오 5에다가 하수관거를 개선하여 하수관거 누수율을 15%로 줄이는 경우(시나리오 6),
            ㉴ 시나리오 2에 제시된 호안 인공습지의 처리효율을 개선하는 경우(시나리오 7)와 같이 7가지로 분류한 다음, 위 7가지 방안에 따라 앞으로 조성될 새만금 담수호의 수질예측결과와 수질환경기준을 아래와 같이 분석하였다.
              즉, 시나리오 1의 경우에는 만경수역과 동진수역을 평균한 새만금 담수호의 연평균 수질에 대하여 화학적 산소요구량(COD, 이하 ‘COD'라 한다), 총질소(T-N, 이하 ’T-N'라 한다), T-P 세항목 모두 5등급 수준으로 추정되어 목표수질을 만족하지 못하는 결과가 나타났고, 환경부 시안인 시나리오 2에서 제시한 환경기초시설과 호수 수질관리대책 등 수질개선대책이 마련되는 경우에는 새만금 담수호의 평균수질에 대하여 COD는 3등급, T-P는 4등급 수준으로 추정되었으며, 그 밖의 5개 시나리오의 경우에도 새만금 담수호의 평균수질은 COD는 모두 3등급, T-P는 모두 4등급을 만족하는 것으로 예측된 한편, 동진수역보다도 수질이 나쁜 만경수역에서 4등급 수질을 만족시키는 방안은 축산분뇨를 철저히 관리하는 시나리오 3과 4의 경우였다.
         그러나, 실제로 1997년 환경부의 발표에 의하면, 앞으로 조성될 새만금 담수호에 물을 공급하는 만경강과 동진강 하류의 T-N 농도는 연평균 각각 12.8㎎/ℓ, 4.6㎎/ℓ로 농업용수 수질기준(1.0㎎/ℓ)을 무려 12배와 4배 이상을 초과하고 있고, T-P 농도는 각각 0.5ppm, 0.2ppm으로 농업용수 수질기준(0.1ppm)을 2배에서 4배까지 초과하고 있을 뿐만 아니라, 만경강 수역의 경우 위 환경부 시안(시나리오 2)과 같은 수질보전대책에 의한다고 하더라도 T-P 농도를 0.103ppm으로까지 밖에 끌어내릴 수가 없다고 예측하고 있다.
         이에 대하여, 우리 나라의 수질기준에서는 부영양화의 원인물질인 T-P/T-N 상대비가 16 이상일 때는 T-N이 과잉상태이어서 부영양화는 T-P에 의해서 결정되기 때문에 T-N의 기준을 적용하지 아니하고 있고, 이에 따라 농림부와 농업기반공사는 새만금 담수호의 T-N이 4급수를 훨씬 초과할 것으로 예상되기는 하나 T-P/T-N 상대비가 16 이상이 될 것이기 때문에 T-P만을 수질보전대책의 논의 대상으로 하고 있고, 또한 만경강의 T-N이 T-P의 16배 이상이기 때문에 T-P를 4급수 이하로 낮추면 부영향화를 막을 수 있다고 주장하고 있으나, 위에서 본 바와 같이 만경수역의 경우 설사 환경부 시안과 같은 수질보전대책을 달성한다고 하더라도 T-P의 농도가 4급수를 초과하게 될 것으로 예상되는 점에 비추어 볼 때, 위 주장은 타당하지 아니한 것으로 보인다.  
           ④ 위 민관공동조사보고서에서 제시한 새만금 담수호의 수질예측결과는 새만금 담수호 유역의 오염부하량이 현재 수준보다 약 20% 정도만 증가하고, 환경부 시안에서 제시한 환경기초시설 등이 제때 완비되어 오염물질의 삭감이 이루어진다는 전제하에서 제시된 것이고, 만약 환경기초시설이 제때에 건설되지 않거나, 전주권 그린벨트해제 후 도시의 확장과 공단의 조성이 추진되거나 또는 만경강과 동진강 유역내에 대규모 오폐수 발생원이 입지하게 되는 경우에는 위 민관공동조사보고서에서 제시한 새만금 담수호의 수질예측결과와 상당한 차이가 발생하게 된다.
           ⑤ 또한, 위 민관공동조사보고서에서 제시한 수질오염방지대책은 그 시행가능여부에 대하여 아래에서 보는 바와 같이 많은 문제점을 가지고 있는바,
            ㉮ 일정한 지역내의 배출시설에서 배출되는 오염물질총량을 기준으로 배출기준을 정하여 규제하는 방식인 오염총량제는 2006년이 지나서야 시행될 예정일 뿐만 아니라, 위 제도가 시행되는 경우에는 산업의 위축을 가져올 수가 있어 전라북도의 상당수 지방자치단체들이 오염총량제의 실시에 동의할 것으로 보기 어렵고,
            ㉯ 건설교통부와 전주시는 전주, 완주, 김제 등 전주권 일원의 개발제한구역 225.4㎢(68,180,000평)의 해제를 추진하면서 개발제한구역 해제에 따른 난개발을 방지하기 위하여 위 해제대상지역 중 71.1%를 개발이 불가능한 보전녹지로 지정할 예정이라고 하나, 위 개발제한구역 해제지역이 이 사건 사업 지구와 연결된 만경강 상류지역일 뿐만 아니라, 개발제한구역과는 달리 보전녹지와 자연녹지로 지정되더라도 보전녹지에는 농가와 창고, 축사 등 생업용 건물을, 보전녹지로 지정되지 아니한 나머지 28.9% 상당의 자연녹지에는 건폐율 20%, 용적률 100% 이하의 건축물과 소규모 연립주택, 음식점, 세탁소 등 제1, 2종 근린생활시설을 각 건축할 수 있고, 만일 이곳에 위 건축물 등과 같은 대규모 개발이 일어날 경우에는 오염부하량의 증가로 수질예측조건과 결과가 현저히 달라지는 문제가 있으며,
            ㉰ 농사 시비량의 30% 감소는 농민들의 자발적인 협조에 의존하여야 하나, 농민들이 생산량의 감소를 감수하고서라도 오랜 농업관행을 깨고 시비량을 줄이는 것은 용이하지 아니하고,
            ㉱ 축산폐수에 대하여는 2012년까지 축산두수가 감소하는 것을 전제로 수질을 예측하였으나, 전라북도의 축산두수는 계속 증가해 왔으며, 또한 우리나라의 축산폐수 처리율은 규제가 엄격한 상수원지역에서도 1993년 기준으로 40%를 조금 넘는 정도이므로 축산폐수를 94% 이상 처리한다는 것은 사실상 불가능하고,
            ㉲ 2005년까지 23개의 하수처리장을 건설하는 내용의 계획도 그 진행이 지연되고 있어 본격적으로 가동에 들어가기 위하여는 상당한 시간이 걸릴 전망이며,               ㉳ 2001년부터 2011년까지 투입되어야 할 수질개선 총비용 1조 4,568억원중 6,000억원 상당은 그 재원확보대책이 불명확하고, 또한 앞으로 조성될 내부간척지에 공급할 농업용수를 확보하기 위하여 위와 같은 천문학적인 돈을 투입하는 것 자체가 자원배분의 형평성과 효율성을 상실한 것으로 보이며,
            ㉴ 금강호 물의 희석수 도입 방안도 금강의 수질오염이 심각하여 희석에 별다른 도움이 되지 않고, 이와 같이 만경강 물을 방류하고 금강 물을 가져온다는 내용의 계획은 금강유역 주민들의 동의를 얻는 절차와 환경생태계 영향조사 등 추가적인 대책마련을 위한 연구가 있어야 함에도 그와 같은 절차 등이 없는 상황이고,
            ㉵ 현재까지 동진강이 만경강보다 상대적으로 오염이 덜 되어 있기는 하나, 동진강유역을 먼저 담수화하는 경우에도 만경강과 마찬가지로 4급수 유지에 현실적인 어려움이 있으므로 동진강유역의 우선 개발방안도 적절한 대안이 될 수 없으며,              
            ㉶ 오염물질을 바닥에 침전시켜 준설퇴적물이 발생하면 수거해 제거하는 시설인 침전지에서 주로 제거하는 ‘인’에 있어서도 실제로 침전지에서의 ‘인’ 축적율은 10%에도 미치지 못하여 과다한 설치비용에 비하여 그 효능이 상대적으로 낮고,
            ㉷ 인공습지의 경우에는 인공으로 심어놓은 각종 식물의 폐사가 오히려 오염원이 되어 새만금 담수호의 수질을 더욱 악화시킬 수가 있으며,
            ㉸ 마지막으로 당초 이 사건 사업의 시행이 전라북도 도민에게 고용창출 등 엄청한 경제적인 파급효과를 가져다 줄 것으로 예상되었으나, 실제로는 막대한 비용이 소요되는 새만금 담수호의 수질보전대책과 관련하여 전라북도 도민들이 자신의 재산권행사에 상당한 제한을 받게 되는 등으로 이 사건 사업의 시행으로 인한 부(負)의 효과도 상당히 크다 할 것이다.
           사정이 위와 같다면, 환경부가 1999. 12.에 제시한 새만금호 수질보전종합대책과 민관공동조사단의 수질분야에 대한 조사결과를 포함하여 피신청인 국무총리의 이 사건 정부조치계획 등에 따른 수질보전대책에 의한다고 하더라도, 이 사건 사업으로 인하여 생길 새만금 담수호에 대한 수질이 당초 계획한 대로 농업용수로 유지될 가능성이 아주 희박한 이상 새만금 담수호는 단시일내에 수질오염의 증가로 인하여 이 사건 사업의 목적인 농지 조성과 농업용수의 확보라는 목적을 달성하기 어려울 것으로 보인다.
        ㈑ 마지막으로, 이 사건 사업의 시행이 새만금유역의 갯벌에 어떠한 영향을 미치는지에 관하여 보기로 한다.
           다음의 사실은 소갑제9호증, 소갑제13호증, 소갑제24호증의 1의 각 기재에 의하여 이를 인정할 수 있고, 소을제2호증의 기재만으로는 이를 뒤집기에 부족하며, 달리 반증이 없다.
           ① 새만금유역의 갯벌은 만경강, 동진강 하구에 생성되어 있는 사실상 우리나라에서 유일하게 남아 있는 하구갯벌로서, 그곳에 서식하는 생물의 종류가 다양할 뿐만 아니라, 갯벌에 살고 있는 어패류와 다양한 미생물이 유기물을 분해하는 방법으로 만경강, 동진강에서 유입되는 오염된 수질을 정화하는 작용을 하는 등으로 그 효용이 아주 크다고 할 것인데, 새만금 하구해역을 방조제로 막는 이 사건 사업의 시행으로 인하여 이 지역에 펼쳐져 있던 전국 갯벌의 8%인 20,800㏊ 상당의 갯벌이 없어지게 될 운명이다.
           ② 영국의 과학전문지인 네이쳐(Nature)에 의하면 하구갯벌의 생태적 가치는 1㏊(0.01㎢) 당 US$ 9,990으로 농경지의 가치인 US$ 92보다 100배 이상의 가치를 가진 것으로 평가되고 있고, 특히 새만금유역의 갯벌을 보전함으로써 얻을 수 있는 총가치는 매년 2,000억～8,000억원에 이른다는 국내의 연구결과가 있는 점에 비추어 보면, 쌀을 생산할 뿐만 아니라, 물을 저장하는 기능을 가지면서 기후조절기능까지 가지고 있는 농경지 못지 않게 인간에게 직, 간접적으로 다양한 편익을 제공하고 있는 갯벌 또한 중요하다고 할 것이므로, 새만금유역의 갯벌을 보전함으로써 국민이 매년 얻을 수 있는 편익 또한 엄청한 액수에 이른다고 보아도 무방할 것이다.
           ③ 한편, 현재 이 사건 사업 중 방조제공사에 대한 공정이 90% 상당에 이르는 상황임에도 불구하고, 다행히 새만금유역의 하구갯벌은 여전히 생태계의 기능을 유지하고 있는 상태이다.
              이에 대하여 피신청인들은 방조제공사가 완공되더라도 배수갑문을 통하여 해수를 유통시킨다면 새만금유역의 갯벌을 살릴 수 있다고 주장하나, 앞서 살펴본 바와 같이 방조제공사가 완공된다면 유입하천인 만경강과 동진강 유역의 수질오염으로 인하여 새만금유역의 갯벌과 그곳에서 서식하는 동식물 종은 모두 폐사하게 될 것이므로 배수갑문을 통한 해수의 유통은 근본적인 대책이 될 수 없을 뿐만 아니라, 장마철에 만경강, 동진강에서 상당량의 담수가 유입되더라도 배수갑문을 썰물 때에만 열 수 있기 때문에 염분 농도가 떨어진 바닷물은 몇 시간동안이라도 갯벌생물에게는 치명적일 수가 있으므로, 위 주장은 어느 모로 보나 이유 없다.

     ⑷ 소결론
       위에서 살펴본 바와 같이, 농지조성 및 농업용수의 공급이라는 이 사건 사업의 목적을 달성하기 위하여는 이 사건 사업으로 건설될 예정인 새만금 담수호에 대한 수질오염을 방지하기 위한 대책이 전제되어야 할 것이나, 이 사건 각 처분을 하기 위하여 시행한 환경영향평가 중 수질오염방지대책에 의하거나, 나아가 환경부가 1999. 12.경 제시한 새만금호 수질보전종합대책과 민관공동조사단의 수질보전분야에 대한 조사결과를 포함한 피신청인 국무총리의 이 사건 정부조치계획 중 수질오염방지대책에 의하더라도 새만금 담수호의 수질은 당초 피신청인들이 목표로 한 농업용수기준인 4급수를 기술상 충족시킬 수 없을 뿐더러, 설혹 기술상 위 농업용수기준의 유지가 가능하다 하더라도 이를 충족하기 위하여 감당하기 어려운 과다한 비용을 요하게 되어 사회통념상 실현불가능한 것이어서 이 사건 각 처분을 당연 무효로 볼 여지도 있는 만큼, 신청인들로서는 이 사건 본안소송에서 승소하게 될 개연성도 있다고 할 것이다.

  다. 보전의 필요성

     ⑴ 회복하기 어려운 손해를 예방하기 위하여 긴급한 필요가 있는지 여부
        행정소송법 제23조 제2항에서 행정청의 처분에 대한 집행정지의 요건으로 들고 있는 “회복하기 어려운 손해”라고 하는 것은 원상회복 또는 금전배상이 불가능한 손해는 물론 종국적으로 금전배상이 가능하다고 하더라도 그 손해의 성질이나 태양 등에 비추어 사회통념상 그러한 금전배상만으로는 전보되지 아니할 것으로 인정되는 현저한 손해를 가리키는 것이다(대법원 1999. 12. 20. 선고 99무42 판결 등 참고).
        살피건대, 이 사건 각 처분의 효력이 정지되지 아니한 채 본안소송이 진행되는 경우, 위에서 살펴 본 바와 같이 피신청인들이 제시하고 있는 새만금 담수호의 수질오염대책들은 대부분 현실적으로 실행되기 어려운 것들이어서 만약 이 사건 사업의 시행으로 인하여 방조제가 완성되어 해수의 유입이 차단되는 경우에 만경강, 동진강에서 유입되는 오염된 물로 인하여 단기간내에 새만금유역의 하구갯벌과 그곳에서 서식하는 어패류 및 다양한 미생물이 모두 폐사하게 되어 시화호와 같은 죽음의 호수가 예견된다고 할 것이고, 위와 같이 한번 파괴되거나 오염된 환경은 그 회복이 쉽지 않을 뿐만 아니라, 회복이 가능하다고 하더라도 그 회복에 많은 비용과 장기간의 시간을 요하게 되는 등 엄청한 손해를 입을 것임을 쉽게 예상할 수 있으므로 그와 같은 손해는 행정소송법 제23조 제2항 소정의 ‘회복하기 어려운 손해’에 해당한다고 할 것이다.
        나아가, 이 사건 사업에 따른 방조제공사는 이미 2.7㎞를 제외한 나머지 약 30.3㎞(약 91.8%)에 대하여 물막이공사가 끝난 상태이고 그 미완공부분도 조만간 완공될 예정이므로, 이를 방지하기 위하여 이 사건 각 처분에 기한 방조제공사의 집행을 본안소송의 판결선고전에 미리 정지하여야 할 만큼 급박한 사정이 있다고 볼 수 있다.

     ⑵ 공공복리에 중대한 영향을 미칠 우려가 없는지 여부
        행정소송법 제23조 제3항에서 집행정지의 요건으로 규정하고 있는 ‘공공복리에 중대한 영향을 미칠 우려’가 없을 것이라고 할 때의 ‘공공복리’는 그 처분의 집행과 관련된 구체적이고도 개별적인 공익을 말하는 것으로서 이러한 집행정지의 소극적 요건에 대한 주장․소명책임은 행정청에게 있다(대법원 1999. 12. 20. 선고 99무42 판결 등 참조).
       이 사건으로 돌아와서 이 사건 각 처분의 집행정지로 인하여 공공복리에 중대한 영향을 미칠 우려가 생기는지 여부에 관하여 살펴보건대, 기록에 의하면 이 사건 사업에 따른 방조제공사 총 33㎞ 중 물막이공사가 완료되지 아니한 2.7㎞ 구간에는 1일 7,200,000,000㎥의 바닷물이 밀물과 썰물시에 당초 이 사건 공사 시행 이전보다 4배(1.0m/초→4.2m/초)나 증가한 속도로 빠르게 소통하고 있으므로, 이 사건 각 처분에 대한 집행정지결정으로 인하여 위 방조제공사를 중단하게 된다면 많은 양의 방조제 토석이 유실될 뿐만 아니라 유실방지 보강공사 등에 비용이 소요될 우려가 없는 것은 아니지만(피신청인들은 방조제 등 임시보강공사에 30억원 상당이 소요될 것으로 예상하고 있다), 현재의 상황에서 피신청인들이 이 사건 사업에 따른 방조제공사를 완공하게 될 경우 새만금 담수호와 새만금유역의 갯벌에서 발생하게 될 수질오염과 갯벌파괴 등으로 인한 환경피해가 심각히 우려되는 이상 그와 같은 부수적인 손실은 이 사건 각 처분에 기한 방조제공사의 집행정지를 배제할 정도는 아니라고 할 것인 점 등에 비추어 보면 집행정지결정으로 인하여 공공복리에 중대한 영향을 미칠 우려가 있는 때에 해당하지도 않는다.

     ⑶ 소결
       따라서, 이 사건은 그 집행정지로 인하여 신청인들에게 생길 회복하기 어려운 손해를 예방하기 위하여 긴급한 필요가 있다고 인정되고, 달리 위 집행정지로 인하여 공공복리에 중대한 영향을 미칠 우려가 있는 때에 해당한다고 할 수 없다.

3. 결론

  그렇다면, 신청인들의 이 사건 신청은 일부 이유 있다고 할 것이므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 결정한다.

                               재 판 장     판   사    강     영     호

                                              판   사    김     관     중

                                              판   사    조     철     호